4.7.1 Работа с MicroManager¶

Подготовка к работе¶

• Установите Micro-Manager. Это достаточно простая процедура и на данном этапе проблем возникнуть не должно.
• Скачайте дистрибутив библиотеки libximc-2.7.6.
• Скопируйте следующие файлы .dll из распакованной директории ximc-2.7.6/ximc/win32/ в директорию Micro-Manager: libximc.dll, xiwrapper.dll, bindy.dll
• Установите VC++ 2013 Redistributable Package из распакованного файла ximc-2.7.6/ximc/win32/vcredist_x86.exe
• Подсоедините источник внешнего питания к 8SMC4-USB и настройте соответствующее напряжение для моторов на вашей подвижке. Включите источник питания.
• Вам понадобится XiLab чтобы проверить наличие 8SMC4-USB в ОС и настроить их. Версия XiLab зависит от версии прошивки контроллера. Вы можете загрузить XiLab и обновить прошивку контроллеров по этой ссылке: https://en.xisupport.com/projects/enxisupport/wiki/Software.
• Подсоедините 8SMC4-USB контроллеры к компьютеру через USB. XiLab должен обнаруживать их. Нажмите Restore from file... в окне Settings... и выберите соответствующий профиль для вашей подвижки. Нажмите Save to flash. Это нужно, чтобы сохранить профиль в XiLab. Для получения дополнительной информации пройдите по ссылке: https://en.xisupport.com/projects/enxisupport/wiki/XILab_application_User's_guide.

Начало работы с Micro-Manager¶

Запуск Micro-Manager¶

• Запустите Micro-Manager через ярлык на рабочем столе или ImageJ.exe из корневой директории программы. При первом запуске ПО MicroManager приветствует Вас и предлагает некоторую информацию о себе.
• Следующее окно содержит выпадающий список с конфигурационными файлами. Нажмите None.

Настройка оборудования¶

• Перейдём к настройке Micro-Manager для работы с 8SMC4-USB.
  • В главном окне программы выберите Tools → Hardware configuration wizard.

Процесс настройки состоит из 6 шагов:

• Для начала, выберите Create new configuration и нажмите Next.

• Следующим шагом Micro-Manager попросит Вас выбрать оборудование для работы. Если вы хотите работать с 8SMC4-USB контроллерами выберите папку Standa8SMC4 в нижнем окне с доступными устройствами. В ней содержится 2 драйвера: Standa8SMC4Z для работы с 1 осью и Standa8SMCXY для работы с 2 осями. При выборе одной из них, появится следующее диалоговое окно.

• В колонке Value необходимо вписать номер COM порта для 8SMC4-USB устройства в следующем формате:
  

  xi-com:%5C%5C.%5CCOMn
  

  
  n - номер соответствующего COM порта (смотрите скриншот выше). Найти информацию о созданном COM порте можно в XiLab или Device Manager → Ports. Нажмите Ok. В полях Unit Multiplier X/Y оставьте значения по умолчанию. Это поле позволяет вам настроить скорость вашего позиционера.
• Для Standa8SMC4Z (Z ось) Вам также надо указать номер COM порта и значение Unit Multiplier. Z ось обычно используется для фокусировки.
• Добавить камеру в список устройств можно точно также. Вам необходимо знать точное название драйвера для вашей камеры. Для работы с USB камерой используется драйвер OpenCVGrabber. Выберите папку OpenCVGrabber среди Available Devices. Появится следующее окно. Нажмите Ok.

• Далее нажмите Next в последующих шагах и Finish на последнем шаге.

• Конфигурация устройств для MicroManager завершена.

Работа с контроллерами¶

В предыдущих пунктах была проведена настройка Micro-Manager. Ниже приведены шаги для проверки корректной работы.

• Во-первых, настройте размер пикселя в Tools → Pixel Size Calibration.... Вам необходимо указать значение размера пискеля и отметить параметры на которые Micro-Manager должен опираться при работе. Нажмите New чтобы задать новый размер пикселя. В появившемся окне отметьте разрешение вашей камеры (при использовании драйвера OpenCVGrabber это параметр OpenCVGrabber - Resolution) и укажите размер пикселя (в um). Для расчёта размера пикселя вам нужно знать размер изображения из микроскопа, его разрешение и смещение (исходя из шага винта) для вашей подвижки.
• Во-вторых, настройте UnitMultiplierX и UnitMultiplierY (Tools → Hardware Configuration Wizard → выберите “Modify or explore the existing configuration” → Нажмите “Next” → двойной клик по “Standa XY Stage” в Installed Device window). Это необходимо для правильного перевода перемещения подвижки в изменение размера пикселя.
• В-третьих, выберите Tools -> Stage Position List.... Нажмите Set Origin чтобы задать ноль начала координат вашей системы. Затем в главном окне нажмите Live. Выберите Scrolling Tool (похоже на руку) в окне ImageJ. Курсор должен быть похож на руку. Нажмите в открытое окно, в котором транслируется видео с камеры. Теперь вы можете контролировать перемещения подвижки с клавиатуры (стрелки "вверх", "вниз", "влево", "вправо" для работы с осями XY и клавиши U,J для работы с осью Z).
• Также, вы можете перемещать изображение мышью. Нажмите Tools → Mouse Moves Stage (Use Hand Tool). Теперь нажмите на окно с видео и потяните в желаемом направлении. Подвижка начнёт двигаться в том же направлении. Двойной щелчок мыши по некоторой точке изображения позволит центрироваться на этой точке.